Den nye sukkerindustri, der opstod i løbet af 16-1700-tallet i Europa, var uløseligt forbundet med slavehandelen.
Københavns ældste sukkerraffinaderi går helt tilbage til mislykkede Afrikanske Kompagni, der i 1657 fik bygget et ”sukkerhus” til den store mængde råsukker, man forventede at kunne sejle hjem til Danmark. Det lå på Slotsholmen mellem Tøjhushavnen og Børsen. I 1673 blev det overtaget af Vestindisk-guineisk Kompagni, der gav det navnet Phønix. Det skiftede senere ejere og blev i 1872 en del af De danske Sukkerfabrikker. Først i 1958 blev de sidste rester af det gamle sukkerraffinaderi revet ned.
Da Vestindisk-guineisk Kompagni flyttede til Christianshavn i 1728, blev der bygget et nyt og større raffinaderi på kompagniets grund i Strandgade.

Arbejdsprocessen bestod i koge den brune rørsukkermasse fra Vestindien i store kogepander/kedler ved hjælp af sten- eller trækul. Ved hjælp af gentagne kogninger og tilsætning af forskellige hjælpestoffer så som kalk og blod blev den nu hvide sukkermasse afkølet og hældt i kegleformede lerforme, hvor sukkeret krystalliseredes og endte som sukkertoppe, der i butikkerne så hugges til mindre stykker alt efter forbrugernes ønsker.
Sukker blev en vigtig eksportvare til især landene omkring Østersøen. I 1778 udgjorde sukker 65 og i 1784 50 procent af den samlede værdi af den københavnske eksport, svarende til henholdsvis 957.000 og 1.537.000 rigsdalere.

I 1755 blev sukkerraffinaderi betegnet som Københavns vigtigste industri. Samme år overtog kongen raffinaderiet efter kompagniets nedlæggelse for 8 år senere at sælge det til finansminister Schimmelmann, der selv havde sukkerplantager på St.Croix. Med kompagniets nedlæggelse blev sukkerfabrikationen givet fri. Det resulterede i, at der omkring 1770 fandtes 9 mindre raffinaderier i provinsen og Norge samt 15 i København, heraf 4-5 på Christianshavn:
1. Det schimmelmannske Sukkerraffinaderi mellem Strand- og Torvegade, der med sine omkring 40 sukkerbagerdrenge, –svende og funktionærer var landets største.
2. Brogade Sukkerraffinaderi i Torvegade 17 med 8-10 ansatte, grundlagt af Peter Boertmann m.fl. i 1756.
3. Det behagenske Sukkerraffinaderi i Strandgade 26 med 8-10 ansatte, grundlagt af G.Behagen engang efter 1759.
4. Sukkerraffinaderiet Union i Strandgade 46-50 med 14-15 ansatte, sandsynligvis grundlagt engang i 1760’erne af William Chippendale.
5. Der har muligvis også eksisteret endnu et sukkerraffinaderi på Christianshavn. For i Københavns Veiviser 1795 omtales, at urtekræmmerlavet og ”interessanter” ejede et raffinaderi på deres grund i Wildersgade 60.
Det var karakteristisk for de trods alt relativt små sukkerraffinaderier, at næsten alle medarbejdere fra den øverste sukkermester til de unge svende, drenge og tjenestepiger havde pligt til at bo på raffinaderiets grund. Kun de øverste i hierakiet havde mulighed for at bo sammen med deres familier, mens selv gifte sukkerrbejdere måtte lade deres koner og børn bo uden for raffinaderiets grund.